Berlatar 1.300 tahun setelah peristiwa dalam film How to Train Your Dragon, naga kini hanya menjadi legenda di dunia modern. Ketika anomali geologi membuka retakan besar sedalam bermil-mil di permukaan bumi, ilmuwan dari seluruh dunia berkumpul di fasilitas penelitian baru untuk mempelajari fenomena misterius itu. Tak lama kemudian sekelompok anak nakal, yang dibawa ke lokasi itu oleh orang tua mereka, mengungkap kebenaran tentang naga dan tempat persembunyian mereka — sebuah rahasia yang harus mereka simpan sendiri untuk melindungi apa yang telah mereka temukan.